โรงเรียนตันหยงมัสตั้งขึ้นเมื่อ 20 มิถุนายน 2504 เปิดทำการสอนแบบสหศึกษาชั้น ม.ศ. 1 กรมสามัญศึกษา ได้ตั้งชื่อว่า โรงเรียนตันหยงมัส ในตอนแรกได้อาศัยโรงเรียนระแงะเป็นที่ทำการสอน จำนวน 1 ห้องเรียน มีนักเรียน 20 คน โดยโดยมีนายยงยุทธ มุณีแนม ศึกษาธิการอำเภอระแงะ ทำหน้าที่เป็นครูใหญ่ ต่อมานายวัชระ สิงคิวิบูลย์ นายอำเภอระแงะในสมัยนั้น ได้ยกที่ดินราชพัสดุซึ่งอยู่ทางทิศตะวันตกของที่ว่าการ

อำเภอระแงะ มีเนื้อที่ 16 ไร่ 3 งาน 36 ตารางวา เพื่อทำการก่อสร้างอาคารเรียนโรงเรียนตันหยงมัส ทางจังหวัดนราธิวาสจึงได้ย้ายนายสนิท บุญเพิ่ม (นายสัญฐิกร บุญเพิ่ม) ครูตรีโรงเรียนนราธิวาสมาทำการสอนประจำที่โรงเรียนตันหยงมัส และได้บรรจุนางสาวชมนาถ ไพบูลย์สมบัติ มาทำการสอนที่นี่    นอกจากนี้ยังมีนายศิริศักดิ์ ชาทอง ครูใหญ่โรงเรียนระแงะ   นายประเจียด สกุลขำ นางบุญถิ่น พูลเพิ่ม ครูโรงเรียนระแงะมาช่วยทำการสอนด้วย  27 พฤศจิกายน 2504 จังหวัดนราธิวาสมีคำสั่งแต่งตั้งให้ นายสนิท บุญเพิ่ม เป็นผู้รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ตรีโรงเรียนตันหยงมัส

ปีงบประมาณ 2505 เปิด เปิดขยายชั้นเรียนเป็น 3 ห้องเรียน มีชั้น ม.ศ. 1 จำนวน 2 ห้องเรียน ชั้น ม.ศ. 2 จำนวน 1 ห้องเรียนโดยอาศัยอาคารเรียนโรงเรียนระแงะเป็นห้องเรียน

ปีการศึกษา 2506 ขยายชั้นเรียนจาก ม.ศ.1 - ม.ศ. 3 โดยยังคงอาศัยอาคารเรียนของโรงเรียนระแงะเป็นห้องเรียน

ปีงบประมาณ 2506 กรมสามัญศึกษาให้งบปลูกสร้างอาคารเรียนในที่ดินราชพัสดุที่ทางอำเภอระแงะยกให้ซึ่งเป็นที่ตั้งของโรงเรียนตันหยงมัสในปัจจุบันนี้อาคารเรียนโรงเรียนตันหยงมัสหลังแรกสร้างเสร็จในเดือน สิงหาคม 2506 จึงได้ย้ายจากโรงเรียนระแงะมาอยู่ในที่ปัจจุบัน

ปี พ.ศ. 2511 นายประจวบ พัฒกุล นายอำเภอระแงะสมัยนั้น ได้ยกที่ดินราชพัสดุประมาณ 20 ไร่เศษ ซึ่งอยู่ทางทิศใต้ของที่ดินแปลงเดิมให้เป็นกรรมสิทธิ์ของโรงเรียน

ปี พ.ศ. 2515 นายอุดม ไพรัตน์ นายอำเภอระแงะสมัยนั้นได้ยกที่ดินราชพัสดุให้อีกประมาณ 20 ไร่เศษ

ในปีการศึกษา 2521 กระทรวงศึกษาธิการได้เปลี่ยนแปลงหลักสูตรใหม่จาก 7:3:2 เป็น 6:3:3

ปีงบประมาณ 2509 ได้รับงบประมาณสร้างโรงฝึกงานอุตสาหกรรมศิลป์ 

ปีงบประมาณ 2512 ได้รับการปรับปรุงตามโครงการ ค.ม.ส. 2 และได้รับงบประมาณ ก่อสร้างอาคารเกษตรกรรม  

ปีงบประมาณ 2513 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารโรงอาหาร หอประชุมไม้อาคารคหกรรมไม้ 

ปีงบประมาณ 2514 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 216 ก

ปีงบประมาณ 2521 กระทรวงศึกษาธิการได้เปลี่ยนแปลงหลักสูตรใหม่จาก 7:3:2  เป็น 6:3:3 และเปลี่ยนแปลงระบบการเรียนการวัดผล โรงเรียนจึงได้เปิดรับนักเรียนเข้าเรียนชั้น ม.1 และ ม.ศ.1 โดยจัดชั้นเรียนเป็น 6-6-6-6

ปีงบประมาณ 2522 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 216 ค และได้ขยายชั้นเรียนถึงระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย (ม.ศ.4)

ปีการศึกษา 2524 โรงเรียนได้เปิดสอนระดับ ม.4 เป็นปีแรก 

ปีงบประมาณ 2525 ได้รับงบประมาณต่อเติมโรงอาหาร – หอประชุมเป็นหอประชุมมาตรฐาน 

ปีการศึกษา 2526 โรงเรียนได้เปิดสอนระดับ ม.1 - ม.6 โดยจัดชั้นเรียนเป็น 6-6-5 /3-3-4

30 มีนาคม 2533 กรมสามัญศึกษามีคำสั่งแต่งตั้งผู้บริหารโรงเรียนตันหยงมัสเลื่อนตำแหน่งจากอาจารย์ใหญ่เป็นตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน 

ปีงบประมาณ 2534 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารอุตสาหกรรมศิลป์

ปีงบประมาณ 2540 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 216 ล(ปรับปรุง 29) 16 ห้องเรียน

ปีงบประมาณ 2549 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษานราธิวาสเขต 3 ได้มาขอใช้อาคารเรียน 1 เป็นที่ตั้งสำนักงานเป็นการชั่วคราว